SARS-CoV-2, Influenza, VIH, Dengue, Zika, Chikungunya, Ebola,… nous avons tous déjà entendu ou lu au moins une fois ces noms, que ce soit dans la presse, à la radio ou à la télévision. Ces noms sont ceux de virus qui entraînent des pathologies plus ou moins sévères chez l’homme.
Comment ces noms sont-ils choisis, et par qui ?
Étapes préalables à la nomination du virus et de la maladie qu’il cause
Les virus, entités physiques qui infectent un organisme vivant (plantes, animaux), sont classés sous différentes catégories. Celles-ci sont divisées en sous-catégories, elles-mêmes séparées en sous-sous-catégories. En langage scientifique, nous parlons de domaine et sous-domaine, royaume et sous-royaume, phylum, sous-phylum, classe, sous-classe, ordre, sous-ordre, famille et sous-famille, genre et sous-genre, puis enfin d’espèce. Cette classification, appelée taxonomie, est régie par le Comité International de la Taxonomie des Virus (ICTV) qui a pour rôle de développer et maintenir une taxonomie universelle.
Lorsqu’un nouveau virus est découvert, ses caractéristiques sont étudiées afin de déterminer ses liens de parenté avec des pathogènes référencés. La séquence du virus de la COVID-19 apparu fin 2019 en Chine a permis de montrer une relation de 88% avec deux coronavirus apparentés au syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) dérivés de chauves-souris (bat-SL-CoVZC45 et bat-SL-CoVZXC21) collectés en 2018 à Zhoushan en Chine. Le SARS-CoV-2 est plus distant du SARS-CoV (environ 79%) et du MERS-CoV (50%). Il appartient au sous-genre Sarbecovirus du genre Betacoronavirus.
Une fois certaines caractéristiques du virus connues (séquence, liens de parenté, type de symptômes associés…), un nom définitif est donné.
L’OMS et les experts ayant découvert le virus choisissent le nom du pathogène et de la maladie associée
Jusqu’en 2015, les virus et maladies associées étaient très largement nommés par la région géographique ou le peuple où ils sont apparus. On citera par exemple le virus Chikungunya, qui signifie « le dos courbé » dans un dialecte africain, ou encore Zika, découvert dans la forêt de Zika en Ouganda.
Depuis, l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) a mis en place un guide qui définit les règles à respecter dans la nomination de la nouvelle maladie infectieuse. Le nom de la maladie peut comporter un terme générique décrivant les symptômes cliniques, le type de population touchée, la sévérité, le nom de l’agent pathogène en cause ou encore l’année de l’apparition de cette maladie. A contrario, aucune information qui pourrait stigmatiser une population, un secteur ou une espèce animale ne doit apparaître.
C’est en prenant en considération ces critères que les experts ont désigné la maladie engendrée par une infection au SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2) par le terme de COVID-19 (Coronavirus Disease 2019). On remarquera d’ailleurs dans cet exemple que le nom du virus lui-même ne comporte aucune information stigmatisante.
Et pour les variants du SARS-CoV-2, comment cela se passe-t-il ?
A l’apparition des premiers variants préoccupants, il n’existait aucun système pour les désigner. La communauté scientifique a commencé à utiliser Pango, un système fondé sur des règles pour nommer les lignées génétiques du SARS-CoV-2. On y trouvera des dénominations comme « B.1.617.2 » ou encore « B.1.1.529 » qui désignent les variants Delta et Omicron respectivement. Ce langage n’étant pas grand public, l’OMS a décidé de désigner les variants du virus de la COVID-19 par des lettres grecques.
Le dernier variant en date est Omicron. D’après l’alphabet grec, la lettre qui suit Omicron est Pi.
Sources :
https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/163636/WHO_HSE_FOS_15.1_eng.pdf
Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses. The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2. Nat Microbiol 5, 536–544 (2020). https://doi.org/10.1038/s41564-020-0695-z
Roujian Lu, Xiang Zhao, Juan Li, Peihua Niu, Bo Yang, Honglong Wu, Wenling Wang, Hao Song, Baoying Huang, Na Zhu, Yuhai Bi, Xuejun Ma, Faxian Zhan, Liang Wang, Tao Hu, Hong Zhou, Zhenhong Hu, Weimin Zhou, Li Zhao, Jing Chen, Yao Meng, Ji Wang, Yang Lin, Jianying Yuan, Zhihao Xie, Jinmin Ma, William J Liu, Dayan Wang, Wenbo Xu, Edward C Holmes, George F Gao, Guizhen Wu, Weijun Chen, Weifeng Shi, Wenjie Tan, Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding, The Lancet, Volume 395, Issue 10224, 2020, Pages 565-574, ISSN 0140-6736, https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30251-8.
(https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0140673620302518)
https://www.pango.network/how-does-the-system-work/what-are-pango-lineages/
No Comments